Хөтөлбөрийн хороо нь Эрдмийн зөвлөлөөс баталсан журмын дагуу  МУИС нь сургалтын нэгдсэн бодлогыг хэрэгжүүлэх ерөнхийчиг үүрэгтэй.  

МУИС-ийн Хөтөлбөрийн хороо нь Ерөнхий хороо, Ерөнхий суурь хөтөлбөрийн дэд хороо, Бүрэлдэхүүн сургуулийн хөтөлбөрийн дэд хороо, Тэнхимийн хөтөлбөрийн дэд хороо гэсэн бүтэцтэйгээр ажиллана. Тэнхимийн бүтэцгүй бол тухайн бүрэлдэхүүн сургуулийн хөтөлбөрийн дэд хороо хөтөлбөртэй холбоотой асуудлыг хэлэлцэж шийдвэрлэнэ.

МУИС-ийн Хөтөлбөрийн хороо нь суралцагчдад шаталсан сургалтын 5 хөтөлбөрийн хүрээнд ерөнхий суурь болон үндсэн, хавсрага, хос мэргэжлийн хичээлд тавих шалгуур үзүүлэлт, багц цаг тооцох, шилжүүлэх нөхцлийг тогтоож, дан ба салбар дундын хамтарсан хөтөлбөрийг боловсруулах, шинэчлэх, мэргэжлийн шинжилгээ хийх, бодлого зөвлөмж, түүнийг хэрэгжүүлэхтэй холбоотой шийдвэр гаргана.

МУИС-ийн Хөтөлбөрийн хороо дараах чиг үүрэгтэй байна. 

• МУИС-ийн сургалтын хөтөлбөрийг Монгол улсын боловсролын хууль тогтоомж, МУИС-ийн сургалтын нэгдсэн бодлого, шинжлэх ухааны хөгжил, хөдөлмөрийн зах зээлийн эрэлт хэрэгцээтэй уялдуулж, олон улсын боловсролын жишигт нийцүүлэн боловсруулж, хэрэгжүүлэх;
• Чиг үүргийн дагуу хэлэлцэж буй асуудлын талаар шинжлэх ухааны үндэслэлтэй мэргэжлийн үнэлгээ хийх, сургалтын үйл ажиллагааны чанарын шаардлагыг хангах, оюутан суралцагчдын сурах үйл ажиллагааг идэвхжүүлэх;
• Хөтөлбөрийн цагийн багтаамж, оюутны сонголт хийх арга зам, хувилбар болон тавигдах шаардлага, шалгуур үзүүлэлт зэрэг зохицуулалтын механизмыг нарийвчлан тогтоох; 
• Сургалтыг зохион байгуулахад шаардлагатай багшлах боловсон хүчний нөөц, чадавхи, ном, сурах бичиг, номын сан, анги танхимын хүртээмж зэргийг судалж, санал боловсруулан шийдвэр гаргах.