Сургалтын төлбөр нь судлах хичээлийн багц цагийн төлбөр, суурь үйлчилгээний төлбөрөөс бүрдэнэ. Сургалтын төлбөрийг суралцагч жил бүр төлнө.

Суурь үйлчилгээний төлбөр нь МУИС-ийн суралцагчийн суралцах эрхийг хадгалах, нийтлэг үйлчилгээтэй холбоотой зардлаас бүрдэнэ. Энэ нь эрдмийн хамт олон багш, профессор, бакалавр, магистр, докторын хөтөлбөрийн оюутнуудад үзүүлдэг төвлөрсөн үйлчилгээ, номын сан(ном бүрдүүлэлт, олон улсын сэтгүүлийн онлайн эрх, номын сан болон оюутны бие даах төвийн ажилтны цалин хөлс, мэдээлэл, программ хангамж)-ийн үйлчилгээ, сургалтын үйл ажиллагаатай холбогдсон нэгдсэн үйлчилгээ, захиргаа, удирдлагын зардлын тодорхой хувь хэмжээ, оюутны байгууллага, клубын зардал, сургалтын орчинг сайжруулах (хангамж үйлчилгээний алба, үйлчилгээний ажилчдын цалин хөлс, үйл ажиллагааны зардал, МУИС-ийн хөрөнгөөр баригдаж буй барилга, байгууламж, оюутны болоод хичээлийн анги, танхимийн их ба урсгал засвар, сурах орчны тохижилт, сургалт, судалгаа болон бусад тоног төхөөрөмжийн элэгдэл), оюутны мэдээллийн үйлчилгээ (оюутны гарын авлага, холбогдох мэдээлэл, мэдээлэл, технологийн үйл ажиллагааны төсөв, сургалтын мэдээллийн системийн үйл ажиллагаа, программ хөгжүүлэлт, техник, тоног төхөөрөмжийн шинэчлэл) зэргийг санхүүжүүлнэ.

Багц цагийн төлбөр нь сургалттай холбоотой шууд зардлаас бүрдэнэ. Энэ нь оюутны сурах үйл ажиллагаанд шууд холбоотой сургалтын үйлчилгэээ бөгөөд багш, профессорууд, салбар сургалтын албадын мэргэжилтэн, зааварлагчдын цалин хөлс, үйл ажиллагааны зардал, хээрийн болон үйлдвэрлэлийн дадлага, сургалтын үйлчилгээний ажилчдын цалин хөлс, хичээл практик, эрдэм шинжилгээний хурал семинарын зардал, оюутны академик үйлчилгээ, оюутны тэтгэлэг, олимпиад, оюутны дунд зохиогддог бүх төрлийн уралдаан тэмцээний зардал, гадаад багш болон багшийн үйл ажиллагаа, хөгжлийг дэмжих зардал, интернэт, сургалтын тоног төхөөрөмж, эд хогшлын зардал зэргийг санхүүжүүлнэ.

Багц цагийн төлбөр нь оюутны суралцаж буй түвшингээсээ хамаарч өөр өөр байхаар тусгагдсан.