МУИС-ийн магистрын хөтөлбөр нь судлаач болон мэргэжлийн магистр гэсэн 2 хэлбэртэй байна.

Дээд боловсролын магистрын зэрэг олгох хөтөлбөр нь мэргэжлийн суурь (салбар, тэнхим, хөтөлбөрийн шаардлага), мэргэшүүлэх (салбар, тэнхим, хөтөлбөрийн шаардлага), чөлөөт сонголт (тухайн хөтөлбөрийг хариуцсан тэнхим, нэгжээс бусад тэнхим, салбар, их сургууль, эрдэм шинжилгээний хүрээлэнгээс сонгох хичээл), удирдагч багшийн удирдлага дор хийх эрдэм шинжилгээний ажил, дадлага, магистрын ажил гэсэн бүтэцтэй байна.

Магистрант нь элссэн эхний улиралд багтаан ганцаарчилсан төлөвлөгөөний үлгэрчилсэн загварын дагуу сургалтын төлөвлөгөө боловсруулж, тэнхмийн эрхлэгч, бүрэлдэхүүн сургуулийн сургалтын албаны эрхлэгчээр баталгаажуулна.

Магистрант нь магистрын ажлын сэдэв, сэдвийн дагуу судалгаа хийх төлөвлөгөөг удирдагчтай зөвшилцөн боловсруулна.